Kaplica powstała w latach 20. XVIII wieku jednocześnie z kościołem parafialnym w pobliskich Wambierzycach (dziś bazylika mniejsza). Obie późnobarokowe świątynie są wyrazem głębokiego przywiązania hrabiowskiego rodu Götzenów do katolicyzmu.

Ród Götzenów rezydował w Sarnach (niem. Scharfeneck) od 1660 roku. Ich pozycja wzrosła w czasach wojny trzydziestoletniej dzięki generałowi Johannowi (1599–1645), który otrzymał najpierw tytuł barona, a potem hrabiego. Jego syn Johann Georg w 1660 r. dostał od cesarza ogromne dobra w hrabstwie kłodzkim, w tym Sarny – które przez ponad 200 lat były główną siedzibą rodu.

Każdy katolicki hrabia nosił pierwsze imię Jan – na cześć pierwszego hrabiego, jak i św. Jana Nepomucena, patrona rodziny. Dlatego właśnie Johann Franz Anton hrabia Götzen w akcie fundacyjnym z 6 sierpnia 1738 r. podkreślił swoje oddanie temu świętemu męczennikowi.

Kaplica w Sarnach jest wyjątkowo duża jak na prywatną kaplicę w rezydencji arystokratycznej – wielu badaczy i gości nazywa ją wręcz kościołem dworskim (niem. Hofkirche). Ma nietypowy, eliptyczny plan i dominuje w architekturze zamku oraz w górskim krajobrazie – podobnie jak bazylika w Wambierzycach, nazywana „śląską Jerozolimą”.

Podczas budowy kaplicy wieżę zamkową przebudowano na wzór kościelnej – jeszcze w latach 50. XX w. służyła jako dzwonnica. Nawiązuje to do średniowiecznej tradycji Capella Palatina – oddzielnej kaplicy w zamkach obronnych, łączącej kult religijny z manifestacją władzy.

Wnętrze kaplicy to prawdziwe arcydzieło baroku kontrreformacyjnego. Bogate iluzjonistyczne malowidła wykonał w 1738 r. Johann Franz Hoffmann (1699–1766). Przedstawiają one życie, męczeńską śmierć i wniebowzięcie św. Jana Nepomucena – od narodzin (wyproszony modlitwami rodziców), przez kaznodziejstwo, spowiedź królowej, więzienie, aż po utopienie w Wełtawie z rozkazu króla Wacława IV.

W ołtarzu głównym rzadko spotykany obraz martwego świętego unoszonego przez anioły – symbolizuje grób i przejście do życia wiecznego (rozsunięta purpurowa kotara). Na kopule apoteoza: święty w białej szacie z palmą męczeństwa, otoczony Marią, Józefem i innymi świętymi (m.in. Apolonią, Barbarą, Franciszkiem Ksawerym, Antonim Padewskim – których obecność wiąże się z imionami fundatora Jana Franciszka Antoniego i jego rodziny).

Wzorem dla ołtarza głównego w Sarnach był ołtarz z Wambierzyc autorstwa Sebastiana Flackera z 1725 r. Jest to ołtarz kolumnowy z trzema alegoriami przedstawiającymi Wiarę (Fides), Nadzieję (Spes) i Miłość (Amor Dei albo Caritas), cnoty uosabiane przez kobiety z krzyżem i kielichem z hostią, z kotwicą i z sercem gorejącym.

Kaplica głosiła triumf „prawdziwej” wiary katolickiej w regionie wcześniej zdominowanym przez luteran i braci czeskich – była narzędziem kontrreformacji, podobnie jak jezuickie dzieła na Ziemi Kłodzkiej.

Mimo że od 1771 r. w Sarnach rezydowali ewangeliccy Götzenowie, kaplica pozostała nietknięta. W połowie XIX w. nawet ją odnowili. Kolejna renowacja miała miejsce w latach 70. XX w. (przez zespół z Krakowa). Potem niestety przez długie lata służyła jako magazyn łódek, silników, starych lodówek.

Po 2013 r., gdy zamek stał się własnością prywatną, kaplica odzyskała blask. Budynek jest po kapitalnym remoncie a konserwacja malowideł jest na ukończeniu. Odbywają się tu koncerty i klasy mistrzowskie w zakresie muzyki dawnej. Od 2017 r. jest otwarta dla zwiedzających.

Sarneńska kaplica to jedna z niewielu katolickich świątyń w Polsce, które nie należą do Kościoła rzymskokatolickiego.